NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2 配套试剂盒（Oxford Nanopore Technologies）
NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）
• 简化、高效的操作流程
• 病毒基因组起始范围广：10 – 10000 个拷贝
• 提高 SARS-CoV-2 基因组覆盖度的均一性
• 文库制备前无需进行扩增子标准化
• 文库插入片段约 150 bp
• 适用于 2 x 75 Illumina 测序
• 可选用人类对照引物
• 提供 NEBNext 样品纯化磁珠（SPRIselect®）
• 接头引物可单独提供
目前对 SARS-CoV-2 测序的可靠性和准确性的要求日益增长，为了满足上述需求，NEB 推出 NEBNext® ARTIC 文库制备试剂盒。这些试剂盒根据 ARTIC Network（1）原始流程开发，可分别用于长片段和短片段测序。ARTIC SARS-CoV-2 测序是基于多重扩增子技术的病毒全基因组测序。
ARTIC SARS-CoV-2 操作流程是一种可覆盖整个病毒基因组的多重扩增子测序方法。基于此方法，NEB 开发了 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 文库制备试剂盒，并优化和创新了相关试剂。
NEBNext ARTIC 试剂盒包含用于 SARS-CoV-2 gRNA 的 RT-PCR 引物和试剂，以及用于下游 Illumina® 和 Oxford Nanopore Technologies® 测序的文库制备相关试剂。使用 NEB 基于测序经验数据开发的方法平衡 V3 ARTIC 引物。结合优化的 RT-PCR 试剂，该试剂盒可在较宽的拷贝数范围内提高 gRNA 扩增子的均一性。
无论起始量多少（10 – 10,000 个病毒基因组拷贝）都可使用同一个 RT 方案，并且在靶向扩增前无需进行标准化。使用 NEB 基于测序经验数据开发的方法平衡 V3 ARTIC 引物，以提高整个病毒基因组的扩增子覆盖度均一性。文库制备使用 NEBNext FS 试剂和工作流程，包含 cDNA 酶切打断，同时试剂量已根据 ARTIC 应用进行了调整。请注意，文库制备的接头引物需要单独购买。使用全新的 NEBNext Library PCR Master Mix 时，无论初始起始量多少，都可用相同的 PCR 循环数扩增所有的文库。
NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）包含 cDNA 酶切打断过程，可制备约 150 bp 插入片段的文库，适用于 2 x 75 bp 测序。如需制备更长的插入片段，选用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）（NEB #E7650）可制备约 400 bp 插入片段的文库，适用于 2 x 75 bp 测序。
1.(Josh Quick 2020. nCoV-2019 sequencing protocol v2 (GunIt). protocols.io https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bdp7i5rn).
使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台），提高基因组覆盖度。基因组数据可视化图（IGV）显示了 SARS-CoV-2 基因组的覆盖度。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA（ThermoFisher QS0639）中的 1,000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝（ATCC VR-1986 和 VR-1991）。分别使用两种引物对起始样本进行多重扩增子扩增：IDT ARTIC nCoV-2019 V3 Panel（“Standard”）和 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池，两种引物中添加或不添加 NEBNext ARTIC 人类对照引物。建库试剂为 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）。使用 MiSeq® （2 x 75 bp）测序。测定每个碱基的覆盖深度，向下抽样（seqtk）Reads 数，使用 Bowtie 2 比对至 SARS-CoV-2 参考基因组（NCBI, NC_045512）。
使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台），提高每个碱基的覆盖深度。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA（ThermoFisher QS0639）中的 10 – 1,000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝（ATCC VR-1986 和 VR-1991）。分别使用两种引物对起始样本进行多重扩增子扩增：IDT ARTIC nCoV-2019 V3 Panel（“Standard”）或 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池。建库试剂为 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）。使用 MiSeq® （2 x 250 bp）测序。测定每个碱基的覆盖深度，向下抽样（seqtk）Reads 数，使用 Bowtie 2 比对至 SARS-CoV-2 参考基因组（NCBI, NC_045512）。
添加人类对照引物不会降低基因组覆盖度。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA（ThermoFisher QS0639）中的 1,000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝（ATCC VR-1986 和 VR-1991）。使用 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池对起始样本进行多重扩增子扩增，引物中添加或不添加 NEBNext ARTIC 人类对照引物。建库试剂为 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）。使用 MiSeq® （2 x 75 bp）测序。基因组部分的各覆盖深度由起始量和 Reads 向下抽样至 10,000、100,000、500,000 和 1,000,000 确定。
使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台），提高基因组覆盖度。基因组数据可视化图（IGV）显示了 SARS-CoV-2 基因组的覆盖度。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA（ThermoFisher QS0639）中的 1,000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝（ATCC VR-1986 和 VR-1991）。分别使用两种引物对起始样本进行多重扩增子扩增：QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel 和 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池。建库试剂为 QIAseqFX kit 或 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）。使用 MiSeq® （2 x 75 bp）测序。测定每个碱基的覆盖深度，向下抽样（seqtk）Reads 数，使用 Bowtie 2 比对至 SARS-CoV-2 参考基因组（NCBI, NC_045512）。
使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台），提高基因组覆盖度。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA（ThermoFisher QS0639）中的 1,000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝（ATCC VR-1986 和 VR-1991）。分别使用两种引物对起始样本进行多重扩增子扩增：QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel 和 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池。建库试剂为 QIAseqFX kit 或 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）。使用 MiSeq® （2 x 75 bp）测序。基因组部分的各覆盖深度由起始量和 Reads 向下抽样至 10,000、100,000、500,000 和 1,000,000 确定。
NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）工作流程
