The NEBNext® End Repair Module has been optimized to convert 1 μg – 5μg of fragmented DNA to blunt-

ended DNA having 5´ phosphates, and 3´-hydroxyls. The module is optimized for use with the NEBNext dA-Tailing Module (NEB #E6053), and is part of the original standard DNA library prep workflow.

NEBNext End Repair Enzyme Mix

NEBNext End Repair Reaction Buffer

-20°C

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The NEBNext® End Repair Module has been optimized to convert 1 μg – 5μg of fragmented DNA to blunt-

ended DNA having 5´ phosphates, and 3´-hydroxyls. The module is optimized for use with the NEBNext dA-Tailing Module (NEB #E6053), and is part of the original standard DNA library prep workflow.

 NEBNext End Repair Enzyme Mix

 NEBNext End Repair Reaction Buffer

-20°C
 

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The NEBNext® dA-Tailing Module enables incorporation of a non-templated dAMP on the 3´ end of a blunt-ended DNA fragment. The module is optimized for use with the NEBNext dA-Tailing Module (NEB #E6053), and is part of the original standard DNA library prep workflow, which is suitable for 1 – 5 µg of input DNA.

 Klenow Fragment (3´→ 5´ exo–)

 NEBNext dA-Tailing Reaction Buffer

-20°C
 

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The NEBNext® dA-Tailing Module enables incorporation of a non-templated dAMP on the 3´ end of a blunt-ended DNA fragment. The module is optimized for use with the NEBNext dA-Tailing Module (NEB #E6053), and is part of the original standard DNA library prep workflow, which is suitable for 1 – 5 µg of input DNA.

 Klenow Fragment (3´→ 5´ exo–)

 NEBNext dA-Tailing Reaction Buffer

-20°C

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The NEBNext® Quick Ligation Module has been optimized to ligate efficiently DNA adaptors compatible

with Illumina® sequencing to end-repaired, dA-tailed DNA fragments. The module is optimized for use with the NEBNext End Repair Module (NEB #E6050) and the NEBNext dA-Tailing Module (NEB #E6053) and is part of the original standard DNA library prep workflow, which is suitable for 1 – 5 μg of input DNA.

 Quick T4 DNA Ligase

 NEBNext Quick Ligation Reaction Buffer

-20°C

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The NEBNext® Quick Ligation Module has been optimized to ligate efficiently DNA adaptors compatible

with Illumina® sequencing to end-repaired, dA-tailed DNA fragments. The module is optimized for use with the NEBNext End Repair Module (NEB #E6050) and the NEBNext dA-Tailing Module (NEB #E6053) and is part of the original standard DNA library prep workflow, which is suitable for 1 – 5 μg of input DNA.

 Quick T4 DNA Ligase

 NEBNext Quick Ligation Reaction Buffer

-20°C

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 简单方便的操作流程 – 产品可用于快速操作和低样本起始量。
 简单方便的剂型 – 试剂盒包含的酶、核苷酸和缓冲液都按照操作所需的浓度和体积提供；
    许多产品都有预混液形式；客户可根据需要个性化选择模块试剂。
 严格的质量监控 – 更多的质量监控确保产品的质量及纯度
 功能验证 – 每种试剂盒和模块都经过相应的文库制备，再通过相应测序平台测序验证（Illumina、
    Ion torrent、454 或 SOLiD）。
 更高性价比   

使用下面的图表，选择最适合 454 文库制备的 NEBNext 产品。 

适用于 454 的 NEBNext DNA 文库制备试剂以试剂盒的形式提供，您可以选择以下两种方法中的任何一种，DNA 快速文库制备法：其中包括末端修复、加 dA 尾、连接接头和片段筛选；也可以选择经典 DNA 文库制备法：其中包括末端修复、连接接头、缺口填充和 ssDNA 筛选步骤。每批次试剂盒都经过构建基因组 DNA 文库，再在 454 测序平台测序进行验证。下表列出了用于 454 DNA 测序文库制备的试剂盒，根据文库制备流程，每个步骤所需试剂也列在表中。适用于 SOLiD 的 NEBNext Small RNA 文库制备试剂以试剂盒形式提供。根据文库制备流程，每个步骤所需试剂也列在表中。 

 –  RNA Sample Preparation
 –  Second Strand Synthesis of cDNA

The NEBNext Ultra II Non-Directional RNA Second Strand Synthesis Module has been optimized to generate double-stranded cDNA from first-strand cDNA, as part of the NEBNext non-directional RNA library preparation workflow. 

The NEBNext Ultra II Non-Directional RNA Second Strand Synthesis Module is Designed for Use with the

Following:

 –  NEBNext Ultra II RNA First Strand Synthesis Module (NEB #E7771)

 –  NEBNext Ultra II End Repair/dA-Tailing Module (NEB #E7546)

 –  NEBNext Ultra II Ligation Module (NEB #E7595)

 –  NEBNext Ultra™ II Q5^® Master Mix (NEB #M0544)

 –  NEBNext^® Oligos for Illumina^® (NEB #E7335, #E7500, #E7710, #E7730, #E6609, #E7600,

    #E7535,  #E7350)

NEBNext^® Second Strand Synthesis Enzyme Mix

NEBNext^® Second Strand Synthesis Reaction Buffer

The NEBNext® Magnesium RNA Fragmentation Module has been optimized to fragment RNA into small

pieces by incubation with Magnesium ions at 94˚C. Fragment size is controlled by incubation time (Figure 1), and the reaction is ended by the addition of NEBNext Fragmentation Stop Solution.

  NEBNext® RNA Fragmentation Buffer

  NEBNext RNA Fragmentation Stop Solution

该产品已停产，推荐替代产品为  NEBNext ChIP-Seq  文库制备预混液试剂盒（NEB#6240） 或  NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB#7645）。

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 “该产品已停产，推荐替代产品为 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）或 NEBNext Ultra II DNA 文库制备试剂盒-含纯化磁珠（NEB #E7103）或 NEBNext 末端修复模块（NEB #E6050）或 NEBNext 加 dA 尾模块（NEB #E6053）”

The NEBNext ChIP-Seq Library Prep Master Mix Set for Illumina contains reagents for preparation of

libraries for next-generation sequencing on the Illumina platform from 10 ng of ChIP DNA, in a standard workflow. Please note that adaptors and primers are not included in the kit and are available separately.

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 NEBNext® 免疫测序试剂盒（小鼠）

 • 通过对受体序列的深入分析，揭示复杂的免疫系统

 概述：

免疫组库测序常常用来分析当下的和过去的免疫应答反应。最常应用领域包括：自身免疫性疾病的表征、肿瘤学、传染病中和抗体的发现、肿瘤浸润淋巴细胞以及用作研究残留病的工具。二代测序（NGS）平台在读长和通量方面的最新进展促进了免疫组库测序的发展。

NEBNext® 免疫测序试剂盒（人）

 • 通过对受体序列的深入分析，揭示复杂的免疫系统

概述：

免疫组库测序常常用来分析当下的和过去的免疫应答反应。最常应用领域包括：自身免疫性疾病的表征、肿瘤学、传染病中和抗体的发现、肿瘤浸润淋巴细胞以及用作研究残留病的工具。二代测序（NGS）平台在读长和通量方面的最新进展促进了免疫组库测序的发展。

NEBNext® 免疫测序试剂盒（人）通过对 B 细胞和 T 细胞全长免疫组库分析，能获得体细胞的所有突变信息。该试剂盒提供引物模块，可用于分析完整的 V、D、J 区域和 IgM、IgD、IgG、IgA、IgE 亚类，并分析 BCR 轻链、BCR 重链、TCRα 链和 TCRβ 链。该试剂盒还提供分子标签序列（UMI），将来源于同一个分子的 PCR 产物组成共有序列，以便提高测序准确性，消除 PCR 偏差。Galaxy 平台提供一个开源软件工具——pRESTO，用于在本地或云端开展超强生物信息分析。为了确保不熟悉 Galaxy 平台的用户能成功使用分析软件，pRESTO 提供教学教程。

 抗体和 TCR 结构的简化示意图：

产品描述：

使用唯一分子标签序列（UMI）实现克隆型的精准检测。在有或没有 UMI 情况下，比较小鼠 TCR 克隆型频率。根据有 UMI 的测序结果，对前 100 个高表达克隆型进行排序。在有或没有 UMI 情况下，重复建库，克隆型频率重叠绘制于图中。每个条形或圆点代表一个克隆，该克隆经过总读长分析或使用 UMI 过滤。使用 UMI 可对原始样本中的起始 RNA 分子进行绝对定量。当将克隆按照富集度从高到底进行排序，没有 UMI 的数据会导致 PCR 或测序扩增的偏差，从而误导样本中克隆型频率的分析。UMI 的使用通过对起始样本中 RNA 的绝对定量来校正偏差。使用 UMI 也可以在重复本之间实现更好的相关性，尤其是起始量较低时。各个文库向下抽样 500,000 reads。

使用 NEBNext 免疫测序试剂盒（小鼠），能够在同一管中制备小鼠 BCR 和 TCR 文库。分别使用 10 ng、100 ng 和 1,000 ng 小鼠脾脏总 RNA（Takara Bio #636605）制备小鼠 BCR+TCR 文库，每个起始量都做有平行实验。所有文库向下抽样 1,000,000 reads。使用 pRESTO 工具完成 reads 过滤、序列组装和基于 UMIs 组成共有序列。使用 MiGMAP 鉴别 V、D 和 J 区域。图（A）表示每个小鼠脾脏总 RNA 起始样本检测到的克隆型数量。图（B）表示各文库中 B 细胞重链（IGH）和轻链（IGK 和 IGL）以及 Tα 链（TRA）、β 链（TRB）、δ 链（TRD）和 γ 链（TRG）所占百分比。

   Generate full (100%) coverage of all protein coding regions in BRCA1 and BRCA2 genes

   Obtain highly uniform sequencing across exon targets- 100% of base pairs in panel have coverage

       greater than 20% of the mean target coverage

   Maximize efficiency with a 1-day workflow that combines highly specific enrichment with library

      preparation

   Produce high depths of target coverage across a wide range of DNA input amounts for germline and

      somatic variant calling

The NEBNext Direct BRCA1/BRCA2 Panel enriches the complete exon content of BRCA1 and BRCA2

genes for next-generation se­quencing analysis. NEBNext Direct employs a unique hybridization-based

enrichment workflow that hybridizes baits directly to genomic DNA, without the need for upfront library

preparation. The BRCA1/BRCA2 panel demonstrates extremely high specificity and unmatched coverage

uniformity across a wide range of DNA inputs, allowing highly sensitive calling of germline and somatic

variants while maximizing sequencer efficiency.

Figure 1. NEBNext Direct Workflow.

NEBNext Sample Purification Beads
NEBNext Direct BRCA1/BRCA2 Baits
NEBNext Direct^® Bead Prep Buffer
NEBNext Direct^® Hybridization Buffer
NEBNext Direct^® dA-Tailing Buffer
NEBNext Direct^® Adaptor Ligation Buffer
NEBNext Direct^® Cleaving Buffer  
NEBNext Direct^® Hybridization Wash (HW) 
NEBNext Direct^® Bead Wash 1
NEBNext Direct^® Bead Wash 2 
NEBNext Direct^® 3´ Adaptor  
NEBNext Direct^® 5´ UMI Adaptor 
NEBNext Direct^® dA-Tailing Enzyme
NEBNext Direct^® Ligase  
NEBNext Direct^® 5´ Blunting Enzyme Mix 
NEBNext Direct^® Cleaving Enzyme Mix 
NEBNext Direct^® Q5 Master Mix
NEBNext Direct^® FFPE Phosphorylation Enzyme
NEBNext Direct^® Streptavidin Beads 4
NEBNext Direct^® Hybridization Additive -20
NEBNext Direct^® 5´ Blunting Buffer 4
NEBNext Direct^® 3´ Blunting Enzyme Mix

• GRCh37hg19 Bed Files for the NEBNext Direct® BRCA1/BRCA2 Panel
• GRCh38hg38 Bed Files for the NEBNext Direct® BRCA1/BRCA2 Panel
• Protocol for NEBNext Direct BRCA1/BRCA2 Panel (E6627)

   可比对到目标区域的 reads 比例更高

   所 有 区 域 均 可 得 到 均 一 的 测 序 结果，无论 GC 含量多少

   将富集和文库制备流程相结合，1 天即可完成

   能够从有限及降解的 DNA 样品中得到高质量的文库，包括 FFPE 及 ctDNA

   区分分子重复，降低假阳性突变并提高敏感度

 NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel 采用了一种全新的靶向富集方法，使其能够高特异性的杂交捕获 50 个基因中的 190 个常见癌症靶点。NEBNext Direct 技术与传统的液相杂交及多重 PCR 方法相比有着明显的优势。靶向富集与文库制备相结合，减少了实验所需时间，同时将样本的损失降到最低。能够与自动化设备兼容的 NEBNext Direct 使得对难以成功的样本基因组中目标区域的深度测序成为可能，从而能够发现及鉴定样本中的罕见突变。

NEBNext Direct 采用了快速杂交实验流程，将捕获与文库构建相结合

目标区域包括以下癌症相关基因

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NEBNext Q5U™ 预混液

NEBNext 酶学转化法甲基化建库多样本接头引物（双端检索引物）

虽然重亚硫酸盐测序是研究 DNA 甲基化的金标准，但这种转化方式会对DNA 造成损伤，导致 DNA 断裂、丢失和 GC 偏嗜。NEBNext 酶学转化法甲基化建库试剂盒 (EM-seq^™) 提供了一种酶学方法代替全基因组重亚硫酸盐处理 DNA (WGBS) 的方法，并结合高效流程化的建库步骤，适用于 Illumina 平台测序。高效的 EM-Seq 酶促转化可最大程度地减少对DNA的损伤，结合提供的 NEBNext Ultra II 文库制备流程，最终产生的高质量文库可以从有限的测序数据中更灵敏的检测到 5-mC 和 5-hmC。

更卓越的 5-mC 和 5-hmC 检测灵敏度

更高的比对率

更均一的 GC 覆盖度

能从有限的测序数据检测到更多的 CpG 位点

更均一的二核苷酸分布

更长的文库插入片段

更高效的建库流程

提供转化模块

EM-Seq 能得到更高的文库产量。采用Covaris S2 仪器将 10 ng、50 ng 和 200 ng 不同起始量的人 NA12878 基因组 DNA 打断至 300 bp，同时作为 EM-Seq 和 WGBS 建库的起始样本。对于 WGBS 方法，使用 NEBNext Ultra II DNA 进行建库，随后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold 试剂盒进行重亚硫酸盐转化。上述所有起始量，EM-Seq 都能使用更少的 PCR 循环得到更高的文库产量，表明 EM-Seq 显著减少了 WGBS 方法中的 DNA 损失。误差条表示标准差。

NEBNext 酶学转化法甲基化文库可获得更长的插入片段 。采用Covaris^® S2 仪器将 50 ng 人 NA12878 基因组 DNA 打断至 300 bp，同时作为 EM-Seq 和 WGBS 建库的起始样本。对于 WGBS 方法，使用 NEBNext Ultra II DNA 进行建库，随后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold^™ 试剂盒进行重亚硫酸盐转化。两个文库均使用 Illumina MiSeq (2 X 76 bases) 测序，片段大小采用 Picard 2.18.14 测定。图中绘制了每个插入片段出现的频率标准化后的数据，结果如图：EM-Seq 建库后的插入片段比 WGBS 方法得到的插入片段更长，说明：酶学转化法不会对 DNA 造成损伤，而重亚硫酸盐处理的 DNA 有严重损伤。

A: CpG 位点检测：通过分析 3.24 亿双端数据得到 EM-Seq 和 WGBS 文库的 CpG 位点覆盖度，其中每条链都独立计数，最终得到最多 5600 万个可能的 CpG 位点。结果显示：EM-Seq 在更低测序深度能检测到更多的 CpG 位点。

B: GC 覆盖度：使用 Picard 2.17.2 计算 GC 覆盖度，图中显示不同 GC 含量时 (0-100%)，标准化后覆盖度的分布情况。结果显示：EM-Seq 文库显著提高 GC 覆盖度的均一性，无 AT 过度测序，也无 GC 测序不足，后两项都是 WGBS 文库的典型缺陷。

图中显示了 EM-Seq 和 WGBS 两种方法在不同起始量，至少 1X 和 8X 测序深度下检测到的独有和共有的 CpG 位点。EM-Seq 在至少 1X 测序深度下比 WGBS 多检测到 20% 以上的 CpG 位点。而在至少 8X 测序深度下，CpG 位点覆盖度差异增加至 2 倍。