NEBNext® rRNA 去除试剂盒（细菌）

 核糖体 RNA（rRNA）在细菌样品中含量很高，有效去除才能揭示低丰度转录本的重要生物学意义。由于缺乏 poly（A）尾，细菌 mRNA 的特异性富集具有一定的挑战性，因此，高效、特异性地去除细菌 rRNA 至关重要。

• 高效、特异性地去除细菌 rRNA（5s、16s、23s）

 使用 NEBNext^®  rRNA 去除试剂盒（细菌）从不同起始量的模拟菌群中高效去除核糖体 RNA。

从 20 种不同细菌的冻干混合物（ATCC^® #MSA-2002）中提取总 RNA。使用 NEBNext^® rRNA 去除试剂盒（细菌）去除核糖体 RNA（rRNA），使用 NEBNext Ultra II 定向文库制备试剂盒分别制备未去除 rRNA 和去除 rRNA 后的 RNA-seq 文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。采用 Hisat2 将 Reads 比对到 NCBI 基因组数据库中的最佳匹配菌株混合的参考基因组，并采用 Picard 和 ht-seq count 评估重复和转录水平。绝大多数菌种中，起始量为 100 ng 和 10 ng 时，都观察到缺失了已知的 rRNA 序列。

使用 NEBNext^®  rRNA 去除试剂盒（细菌）高效去除单菌种的核糖体 RNA

使用 NEBNext^® rRNA 去除试剂盒（细菌）从大肠杆菌和植物发酵梭菌总 RNA（100 ng）中去除核糖体 RNA（rRNA）。使用 NEBNext Ultra II 定向文库制备试剂盒分别制备未去除 rRNA 和去除 rRNA 后的 RNA-seq 文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。采用 Hisat2 将 Reads 比对到参考基因组，并采用 Picard 和 ht-seq count 评估重复和转录水平。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 rRNA Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。所有菌种中都观察到缺失了已知的 rRNA 序列，证明：使用 NEBNext^®  rRNA 去除试剂盒（细菌）能够高效去除核糖体 RNA。

NEBNext^® rRNA 去除试剂盒（细菌）从不同起始量均能高效去除核糖体 RNA

使用 NEBNext^® rRNA 去除试剂盒（细菌）从 1 μg、100 ng 和 10 ng 大肠杆菌总 RNA 中去除核糖体 RNA（rRNA）。使用 NEBNext Ultra II 定向文库制备试剂盒分别制备未去除 rRNA 和去除 rRNA 后的 RNA-seq 文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。采用 Hisat2 将 Reads 比对到大肠杆菌 MG1655 参考基因组，并采用 Picard 和 ht-seq count 评估重复和转录水平。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 rRNA Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。起始量 1 μg、100 ng 和 10 ng 的样本中都观察到缺失了已知的 rRNA 序列，证明：NEBNext^®  rRNA 去除试剂盒（细菌）从不同起始量均能高效去除核糖体 RNA。

NEBNext® RNA 去除核心试剂 – 含 RNA 纯化磁珠

 RNAse-H 的高效工作流程结合在线工具设计的紧密间距探针，无论 RNA 质量高低，无论 RNA 起始量多少，都能高效去除 rRNA

·   ·使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 设计的探针序列，可从任意物种中去除不需要的 RNA

·   ·起始量范围广：10 ng – 1 μg

·   · 同时适用于低质量和高质量 RNA 样本

·   · 超快速工作流程：仅需 2 小时，手动操作时间少于 10 分钟

·   · 可提供 RNAClean® 磁珠

 在 RNA-seq 中，高丰度转录本如核糖体 RNA（rRNA）会占据绝大部分测序数据，但它的生物学意义极低，并会掩盖那些具有真正生物学意义的低丰度转录本的检测。当某种样品没有相应的 RNA 去除试剂盒时，这一挑战变的更为严峻。NEBNext® RNA 去除核心试剂提供客户定制，可以从任意物种中去除不需要的 RNA，探针设计工具操作简单方便（NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool）。

 通过联合使用 NEB 提供的 NEBNext® RNA 去除核心试剂和客户自行设计定制的探针，去除不需要的 RNA，工作流程如下：

第一步：使用在线的 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool，输入目标 RNA 序列，获得定制的探针序列。

第二步：从您信任的供应商处订购 ssDNA 寡核苷酸探针。

第三步：探针与 NEBNext® 定制 RNA 去除核心试剂一起使用，或与其它 NEBNext® RNA 去除试剂盒联合使用。

不同起始量、不同物种的样本，NEBNext® 定制 RNA 去除试剂盒均能高效去除目标 RNA，富集目的 RNAs。使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 针对埃及伊蚊、超嗜热原始菌和激烈火球菌的 rRNA 设计探针。使用 RNA 去除核心试剂盒和设计的探针从 1 µg、100 ng 和 10 ng 总 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从每个文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads。使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定 rRNA，残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值。结果表明：不同起始量（1 µg – 10 ng）、不同物种的样本，NEBNext® 定制 RNA 去除方法均能高效去除目标 RNA。

使用 NEBNext® 定制 RNA 去除试剂盒去除目标 RNA，不会影响目的转录本的丰度。使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 针对埃及伊蚊的 rRNA 设计探针。埃及伊蚊成虫（Benzon Research）。使用 Monarch® 总 RNA 小量提取试剂盒（NEB #T2010S）从埃及伊蚊成虫（Benzon Research）中提取总 RNA。使用 RNA 去除核心试剂盒和设计的探针从 100 ng 和 10 ng 总 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从去除后的文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads，从未去除的文库中抽取 2 亿个 Reads。使用 Salmon 和来自 Vectorbase（AaegL5.2 assembly）的转录本计算转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R² 值。图 A 表明：去除不影响目的转录本的丰度。图 B 表明：不同起始量在多次重复实验中转录本丰度保持一致。

组合探针能有效去除人 rRNA 和线粒体 mRNA。使用 NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool 针对人线粒体 mRNA 设计探针。设计的探针与 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）的探针组合使用。使用组合探针从 1 µg 人通用参考总 RNA（Agilent®）中去除线粒体 RNA 和 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从每个文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads。图（A）使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定 rRNA 和线粒体 RNA，残留的 rRNA 和 mtRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。rRNA 和线粒体 RNA 都被有效地去除。图 B 中 IGV 图显示了人类线粒体基因上的覆盖度。

NEBNext Direct® 基因分型解决方案靶向富集试剂盒

 NEBNext Direct® 基因分型解决方案具有低成本高效益、高通量等特点，通过对靶基因测序进行基因分型，可广泛应用于植物、动物和人类。

 适用于几百到几千个 Marker 基因分型的理想解决方案

 使用 SolCAP 公开提供的 2,309 个 Marker Panel 对 96 个番茄 DNA 样本进行富集，并结合 NEBNext Direct^® 基因分型解决方案试剂盒做基因分型。图中显示了质控后的 Reads 数。每个样本起始量为 25 ng 纯化的番茄 DNA。样本加上标签标记后再进行杂交，文库在 Illumina^® Miseq^® 上测序，并设置程序：12 个碱基的唯一分子标签和 8 个碱基的样本标签用 Read 1 运行 20 个循环，目标基因用 Read 2 运行 75 个循环。

图中显示了 96 个样本 2,309 个 SolCAP Markers 的平均 SNP 覆盖度。每个样本起始量为 25 ng 纯化的番茄 DNA。样本加上标签标记后再进行杂交，文库在 Illumina^® Miseq^® 上测序，并设置程序：12 个碱基的唯一分子标签和 8 个碱基的样本标签用 Read 1 运行 20 个循环，目标基因用 Read 2 运行 75 个循环。结果表明：NEBNext Direct^® 基因分型解决方案在 96 个样本中显示了相似的覆盖度。

NEBNext Direct^® 基因分型解决方案对 96 个样本富集的特异性

 

 

图中显示了质控后的 Reads 数比对到目标区域的百分比，表明 NEBNext^® Direct 基因分型解决方案在 96 个样本中都显示出高度特异性。每个样本起始量为 25 ng 纯化的番茄 DNA。样本加上标签标记后再进行杂交，文库在 Illumina^® Miseq^® 上测序，并设置程序：12 个碱基的唯一分子标签和 8 个碱基的样本标签用 Read 1 运行 20 个循环，目标基因用 Read 2 运行 75 个循环。

单个样本中 2,309 个 Marker 的平均覆盖度

 

2,309 个 SolCAP Markers 覆盖度的柱状图显示了目标富集和覆盖水平的均一性，该结果足以进行基因分型。这些数据来自与其它 95 个番茄样本混合杂交后的一个番茄样本。样本起始量为 25 ng 纯化的番茄 DNA。样本加上标签标记后再进行杂交，文库在 Illumina® Miseq® 上测序，并设置程序：12 个碱基的唯一分子标签和 8 个碱基的样本标签用 Read 1 运行 20 个循环，目标基因用 Read 2 运行 75 个循环。

NEBNext Direct® 基因分型解决方案样本制备试剂盒

 NEBNext Direct^® 基因分型解决方案具有低成本高效益、高通量等特点，通过对靶基因测序进行基因分型，可广泛应用于植物、动物和人类。

 适用于几百到几千个 Marker 基因分型的理想解决方案

 使用 SolCAP 公开提供的 2,309 个 Marker Panel 对 96 个番茄 DNA 样本进行富集，并结合 NEBNext Direct® 基因分型解决方案试剂盒做基因分型。图中显示了质控后的 Reads 数。每个样本起始量为 25 ng 纯化的番茄 DNA。样本加上标签标记后再进行杂交，文库在 Illumina^® Miseq^® 上测序，并设置程序：12 个碱基的唯一分子标签和 8 个碱基的样本标签用 Read 1 运行 20 个循环，目标基因用 Read 2 运行 75 个循环。

图中显示了 96 个样本 2,309 个 SolCAP Markers 的平均 SNP 覆盖度。每个样本起始量为 25 ng 纯化的番茄 DNA。样本加上标签标记后再进行杂交，文库在 Illumina^® Miseq^® 上测序，并设置程序：12 个碱基的唯一分子标签和 8 个碱基的样本标签用 Read 1 运行 20 个循环，目标基因用 Read 2 运行 75 个循环。结果表明：NEBNext Direct® 基因分型解决方案在 96 个样本中显示了相似的覆盖度。

NEBNext Direct^® 基因分型解决方案对 96 个样本富集的特异性

 

 

图中显示了质控后的 Reads 数比对到目标区域的百分比，表明 NEBNext^® Direct 基因分型解决方案在 96 个样本中都显示出高度特异性。每个样本起始量为 25 ng 纯化的番茄 DNA。样本加上标签标记后再进行杂交，文库在 Illumina^® Miseq^® 上测序，并设置程序：12 个碱基的唯一分子标签和 8 个碱基的样本标签用 Read 1 运行 20 个循环，目标基因用 Read 2 运行 75 个循环。

单个样本中 2,309 个 Marker 的平均覆盖度

 

2,309 个 SolCAP Markers 覆盖度的柱状图显示了目标富集和覆盖水平的均一性，该结果足以进行基因分型。这些数据来自与其它 95 个番茄样本混合杂交后的一个番茄样本。样本起始量为 25 ng 纯化的番茄 DNA。样本加上标签标记后再进行杂交，文库在 Illumina® Miseq® 上测序，并设置程序：12 个碱基的唯一分子标签和 8 个碱基的样本标签用 Read 1 运行 20 个循环，目标基因用 Read 2 运行 75 个循环。

NEBNext Ultra II Q5^® 预混液

NEBNext Q5 高保真热启动 PCR 预混液

NEBNext  超保真 2X PCR 预混液专门针对二代测序文库制备中的 PCR 扩增反应进行了优化，不论 GC 含量多少，该产品都能够进行稳定、高保真的扩增。特殊的预混液中包含了错配率极低的 Q5 超保真 DNA 聚合酶、优化的缓冲液和反应增强剂，适合大多数模板的扩增，包括高 GC 含量的模板。该预混液的缓冲液组份针对高 GC 含量的模板甚至是二代测序文库都可提供超强的扩增。在二代测序文库制备时，NEBNext  超保真 2X PCR 预混液是您的最佳选择。 

无核酸内、外切酶污染 

50 μl 的反应体系，加入 NEBNext  超保真2X  PCR  预混液、DNA  模板和  0.5  μM  到  1.25  μM  的引物（取决于样本起始量）。 

请登陆 NEBNextSelector.neb.com 可以使用在线产品选择工具进行产品选择。

携带有 Q5 高保真 DNA 聚合酶基因的大肠杆菌 E. coli 菌株。