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KAPA文库定量试剂盒

KAPA 文库定量试剂盒

NGS文库制备完成后，在混合文库、上机测序之前，准确定量NGS文库，对于在最大程度上经济地使用测序仪的测序能力，非常重要。KAPA文库定量试剂盒为Illumina®及Ion TorrentTM平台的测序文库提供了可靠的，基于qPCR技术的定量方案。KAPA文库定量试剂盒包含了用于qPCR绝对定量的NGS文库扩增所需的所有试剂。包括KAPA SYBR® FAST qPCR Master Mix (为不同qPCR仪配置预混合液及预稀释的DNA标准品组。

产品特色

KAPA 文库定量试剂盒
  • 能可靠、灵敏地定量所有可被测序的文库分子
  • 能准确、可重复地定量不同浓度、不同片段长度分布、不同GC含量的文库文字
  • 对于多重测序，确保文库准确、等摩尔地混合
  • 工作流程灵活：即可支持手动，也可用于高通量的自动化平台

完整的文库定量方案

  • 无论是单种NGS文库，还是序列标签标注的多个文库池(library pool)，qPCR绝对定量所需的所有试剂已经包含在试剂盒中
  • 标准曲线经过特殊设计，可适用于所有上游文库制备流程，包括PCR-free的文库制备流程
  • 仅定量可被测序的文库分子；对比qPCR方法，其他方法容易低估或者高估文库浓度
  • 可从KAPA网站或罗氏生命科学微信公众号获得数据分析模板与帮助
KAPA 文库定量试剂盒

KAPA文库定量试剂盒的工作原理。

qPCR的引物，根据平台特异性的文库街头（adaper)序列而设计，同时扩增6个预稀释的、组成浓度梯度的DNA标准品，以及稀释至合适浓度的待定量的NGS文库。将每个已知浓度DNA标准品的平均Cq值作图，生成标准曲线。标准曲线用于将稀释的待测NGS文库的平均Cq值转换为浓度，从而计算出待测文库的工作浓度。

KAPA 文库定量试剂盒
KAPA 文库定量试剂盒

qPCR能准确定量所有可测序分子。

（A）文库制备流程中，DNA插入片段和连接接头(adapter)会产生很多连接情况，除了两段皆连接上接头的可以被测序的文库文字，有一些连接情况（虚线框内）不支持后续的成簇扩增，不能被测序。qPCR能仅检测接头连接正确的分子，这对于PCR-free工作流程是特别关键的。分光光度法、荧光法及电泳法会检测所有的双链分子，无论接头的连接情况。（B）过度的文库扩增会导致引物消耗，随后的变性及退火过程会产生不完全退火的部分双链、部分单链的DNA异构体。采用dsDNA结合染料的电泳和荧光检测仅能检测完整的双链DNA片段，导致对过度扩增文库定量的低估。

基因工程改造的KAPA SYBR® FAST DNA聚合酶是高效文库定量的关键

  • KAPA SYBR FAST经基因工程改造从而对于不同长度、不同GC含量、不同浓度的DNA分子，能有相似的扩增效率
  • 对比之下，只包含野生型DNA聚合酶的文库定量试剂盒仅能定量“容易（easy）”的文库分子
KAPA 文库定量试剂盒
KAPA 文库定量试剂盒

qPCR能准确定量所有可测序分子。

（A）文库制备流程中，DNA插入片段和连接接头(adapter)会产生很多连接情况，除了两段皆连接上接头的可以被测序的文库文字，有一些连接情况（虚线框内）不支持后续的成簇扩增，不能被测序。qPCR能仅检测接头连接正确的分子，这对于PCR-free工作流程是特别关键的。分光光度法、荧光法及电泳法会检测所有的双链分子，无论接头的连接情况。（B）过度的文库扩增会导致引物消耗，随后的变性及退火过程会产生不完全退火的部分双链、部分单链的DNA异构体。采用dsDNA结合染料的电泳和荧光检测仅能检测完整的双链DNA片段，导致对过度扩增文库定量的低估。

产品质量可靠，一致性高

  • KAPA SYBR FAST的性能使单套DNA标准品适用于所有类型的NGS文库
  • 预稀释的标准品生产拥有极高的批次间一致性
KAPA 文库定量试剂盒
KAPA 文库定量试剂盒

在不同NGS文库类型及多批次产品间的高度一致性。

（A）用不同批次（批次1和2）及同一批次不同组（第1和第2组）的KAPA Illumina®平台文库构建试剂盒，定量9个人类WGS文库（41％ GC）和两个微生物WGS文库（红球菌属物种，70％ GC和葡萄球菌属物种，35％ GC）。（B）自2009年9月以来发布的56个连续批次的KAPA DNA标准品的扩增效率。

多重(Multiplex) 测序: 不同质量的样本，也可得到可重复的成簇密度

  • KAPA文库定量，能够实现可预测的成簇密度，从而最大化利用测序仪的测序能力和测序通量
  • 不论文库混合前的浓度，经过准确、灵敏地定量，能实现标签序列标记的文库，等摩尔混合，再上机测序
  • 文库混合池（library pool) 中的不同文库的测序reads均一分布，优化测序成本
  • 所有文库类型均可获得可靠结果，包括从低质量FFPE DNA样本制备的文库
KAPA 文库定量试剂盒

准确、可重复的文库定量能使成簇密度达到高度一致。

在Broad研究所(Cambridge, MA, USA)，在Illumina® GA测序工作流程中应用KAPA文库定量试剂盒显著降低了簇密度的差异性，并消除了滴定的需求。此处展示了连续文库每个tile中簇的平均数目。

KAPA 文库定量试剂盒
KAPA 文库定量试剂盒

准确和灵敏的定量能使多重测序库中Reads均匀分布。

使用用于Illumina平台的KAPA文库定量试剂盒，通过qPCR来定量从高质量人类基因组DNA（深色条）或FFPE DNA（浅色条）制备的24个有标签序列的文库，并组合成为三个等摩尔浓度的测序池。在HiSeq 2500测序仪相同flow cell的不同泳道中对每个测序池进行测序。（A）24个不同文库（标号1~24）代表了约44倍范围的预混合浓度（5.2nM至229.8nM），而测序read分布（B）仅在9.6％至13.9％之间变化。在泳道1、2、3中用于测序的预混合文库浓度的变异系数（CV）分别为94.9％、49.4％和127.9％。KAPA文库定量试剂盒能够进行准确的等摩尔混合，在标准化后CV降低至2.5％、4.8％和11.2％。

MC-CN-00364 有效期至2021-12-31

仅供研究，不用于临床诊断。

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  • KAPA Hyper Prep Kits
  • KAPA Stranded RNA-seq文库构建试剂盒+mRNA富集试剂盒

相关应用

  • Quantification of libraries prior to pooling for multiplexed sequencing
  • Quantification of libraries prior to and after hybridization capture
  • Quantification of individual libraries or library pools prior to cluster amplification or emPCR
  • Quality control, optimization and troubleshooting of library construction processes or workflows

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产品手册

SEQ100005_Kapa_LibQuant_SS_单页

规格明细 / 储存条件

Kits can be stored for up to 12 months at -20˚C.

Complete kits include KAPA SYBR FAST qPCR Master Mix (2X), Primer Premix (10X) and a set of 6 DNA Standards. Reagents for qPCR (KAPA SYBR FAST qPCR Master Mix and Primer Premix) and DNA Standards (1–6) are also sold separately. Where noted, Master Mixes contain instrument-specific reference dyes, while the Universal kit includes ROX High and ROX Low (both 50X) separately.

Components–Illumina® Platform

KAPA 文库定量试剂盒

Components–Illumina® Platform

KAPA 文库定量试剂盒

规格明细

规格描述
Compatible PlatformIllumina HiSeq, NextSeq, MiSeq, and GAIIx Ion Torrent Proton and PGM 454 GS FLX+ and GS Junior SOLiD 5500 series
Library TypeAny
Starting MaterialAny NGS library ready for cluster amplification or emPCR
Standard curve
concentration range		20–0.0002 pM for Illumina libraries 83–0.00083 pM for Ion Torrent and 454 libraries 10–0.0001 pg/µL for SOLiD libraries
Sequencing
Applications		Whole Genome Sequencing Whole Exome Sequencing Targeted Sequencing (custom panels) RNA-Seq ChIP-Seq Amplicon Sequencing Methyl-Seq

订货信息

KAPA 文库定量试剂盒，Illumina 平台（通用）

  • KK货号：KK4824
  • 产品货号：07960140001
  • 适用的qPCR仪器：通用

KAPA 文库定量试剂盒，Illumina 平台（ABI Prism®）

  • KK货号：KK4835
  • 产品货号：07960204001
  • 适用的qPCR仪器：ABI Prism®

KAPA 文库定量试剂盒，Illumina 平台（Bio-Rad iCycler™）

  • KK货号：KK4844
  • 产品货号：07960255001
  • 适用的qPCR仪器：Bio-Rad iCycler™

KAPA 文库定量试剂盒，Illumina 平台（Roche LightCycler® 480）

  • KK货号：KK4854
  • 产品货号：07960298001
  • 适用的qPCR仪器：Roche LightCycler® 480

KAPA 文库定量试剂盒，Illumina 平台（ROX Low）

  • KK货号：KK4873
  • 产品货号：07960336001
  • 适用的qPCR仪器：ROX Low

KAPA 文库定量试剂盒，Ion Torrent PGM 平台（通用）

  • KK货号：KK4827
  • 产品货号：07960158001
  • 适用的qPCR仪器：通用

KAPA 文库定量试剂盒，Ion Torrent PGM 平台（ABI Prism®）

  • KK货号：KK4838
  • 产品货号：07960212001
  • 适用的qPCR仪器：ABI Prism®

KAPA 文库定量试剂盒，Ion Torrent PGM 平台（Bio-Rad iCycler™）

  • KK货号：KK4847
  • 产品货号：07960263001
  • 适用的qPCR仪器：Bio-Rad iCycler™

KAPA 文库定量试剂盒，Ion Torrent PGM 平台（Roche LightCycler® 480）

  • KK货号：KK4857
  • 产品货号：07960301001
  • 适用的qPCR仪器：Roche LightCycler® 480

KAPA 文库定量试剂盒，Ion Torrent PGM 平台（ROX Low）

  • KK货号：KK4874
  • 产品货号：07960344001
  • 适用的qPCR仪器：ROX Lows

*所有试剂盒均包含5ml KAPA SYBR ®FAST qPCR Master Mix (2X), 1ml Primer Premix, 和 6 X 80 uL DNA 定量标准品. 按产品标识注明，试剂盒内包含的引物、DNA定量标准品和qPCR试剂是针对不同DNA测序平台和qPCR仪器进行配制的。引物预混液和DNA定量标准品也可单独购买。