通过检测进行测序的样本 (Sequenced Sample) 和Q值不够、未进行测序的样本(QNS，Not Sufficient) 各自的Q-ratios。

数据来源于Dartmouth-Hitchcock医疗中心(DHMC)的转化医学实验室。在DNA抽提后以及文库构建之前，使用KAPA hgDNA定量&QC 试剂盒，可以帮助使用者建立一个额外的质量控制流程，用于在早期的过程中预测测序的质量。DHMC在其扩增子测序工作流程中，根据经验，使用Q129/41 bp>0.5和Q305/41 bp > 0.2作为判断标准。

文库的转化率，为在Illumina测序平台上进行靶向重测序而制备

分别从样本质量参差的80-100 ng FFPE DNA样本(橙色)和商用人类基因组DNA(灰色)，使用KAPA LTP文库构建试剂盒来构建测序文库。FFPE DNA样本在用Covaris打断之前，用KAPA hgDNA定量&QC试剂盒进行检测，然后按照Q-ratios(DNA质量)沿X轴升序排列。Q-ratios如图中标注。片段化的DNA(平均大小在180 bp左右)在建库之前，用Qubit^® HS dsDNA (Life Technologies) 进行定量；在连接接头、形成文库分子之后，使用基于qPCR的KAPA文库定量试剂盒进行定量。结果显示，FFPE样本的文库转化率(Conversion Rate，起始DNA分子转化成连接有接头的文库分子的百分比，%)明显低于高质量的DNA样本，使得FFPE样本的文库分子多样性受到限制，并且需要在文库扩增步骤中采取更多的循环数才能得到足够多的文库分子进行靶标捕获，从而使FFPE样本的文库的重复率(duplication rate) 更高，靶标覆盖率(target coverage)更低。

Q_129/41 比值和测序中的关键指标（如重复率）具有相关性

从250 ng Covaris打断的FFPE DNA样本(n=14)和对照组DNA(分别从培养细胞、新鲜冰冻样本和血液中提取，n=6)，进行手动文库构建。样本按照Q_129/41-比例升序在x轴上从左至右排列(FFPE样本用黄色表示，对照组DNA用橙色表示)。文库构建采用的是NEBNext^® 试剂(New England Biolabs)，其中靶标捕获前和靶标捕获后的扩增环节(10个循环)采取KAPA HiFi 试剂盒。靶标捕获使用的是定制的SeqCap EZ panel (300 genes,0.9 MB)。 在Illumina HiSeq平台上进行了测序(2 x 100 bp)。FFPE样本的平均靶标覆盖率(蓝色点)是对照组的四倍(1,247X, vs. 301X)，平均重复率(红色点)是对照组的两倍(75% vs. 38%)。Q_129/41 比值 > 0.4 的FFPE样本所产出的文库能够达到最低测序质量要求。

产品手册

Kits can be stored for up to 12 months at -20˚C.

Complete (Master Mix) kits include KAPA SYBR FAST qPCR Master Mix (2X), Primer Premix (41 bp, 129 bp and 305 bp, 10X) and a set of 5 DNA Standards. Primer Premixes and DNA Standards are also sold separately.

规格明细