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KAPA文库定量试剂盒
NGS文库制备完成后，在混合文库、上机测序之前，准确定量NGS文库，对于在最大程度上经济地使用测序仪的测序能力，非常重要。KAPA文库定量试剂盒为Illumina®及Ion TorrentTM平台的测序文库提供了可靠的，基于qPCR技术的定量方案。KAPA文库定量试剂盒包含了用于qPCR绝对定量的NGS文库扩增所需的所有试剂。包括KAPA SYBR® FAST qPCR Master Mix (为不同qPCR仪配置预混合液及预稀释的DNA标准品组。
产品特色
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- 能可靠、灵敏地定量所有可被测序的文库分子
- 能准确、可重复地定量不同浓度、不同片段长度分布、不同GC含量的文库文字
- 对于多重测序，确保文库准确、等摩尔地混合
- 工作流程灵活：即可支持手动，也可用于高通量的自动化平台
完整的文库定量方案
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- 无论是单种NGS文库，还是序列标签标注的多个文库池(library pool)，qPCR绝对定量所需的所有试剂已经包含在试剂盒中
- 标准曲线经过特殊设计，可适用于所有上游文库制备流程，包括PCR-free的文库制备流程
- 仅定量可被测序的文库分子；对比qPCR方法，其他方法容易低估或者高估文库浓度
- 可从KAPA网站或罗氏生命科学微信公众号获得数据分析模板与帮助
KAPA文库定量试剂盒的工作原理。
qPCR的引物，根据平台特异性的文库街头（adaper)序列而设计，同时扩增6个预稀释的、组成浓度梯度的DNA标准品，以及稀释至合适浓度的待定量的NGS文库。将每个已知浓度DNA标准品的平均Cq值作图，生成标准曲线。标准曲线用于将稀释的待测NGS文库的平均Cq值转换为浓度，从而计算出待测文库的工作浓度。
qPCR能准确定量所有可测序分子。
（A）文库制备流程中，DNA插入片段和连接接头(adapter)会产生很多连接情况，除了两段皆连接上接头的可以被测序的文库文字，有一些连接情况（虚线框内）不支持后续的成簇扩增，不能被测序。qPCR能仅检测接头连接正确的分子，这对于PCR-free工作流程是特别关键的。分光光度法、荧光法及电泳法会检测所有的双链分子，无论接头的连接情况。（B）过度的文库扩增会导致引物消耗，随后的变性及退火过程会产生不完全退火的部分双链、部分单链的DNA异构体。采用dsDNA结合染料的电泳和荧光检测仅能检测完整的双链DNA片段，导致对过度扩增文库定量的低估。
基因工程改造的KAPA SYBR® FAST DNA聚合酶是高效文库定量的关键
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- KAPA SYBR FAST经基因工程改造从而对于不同长度、不同GC含量、不同浓度的DNA分子，能有相似的扩增效率
- 对比之下，只包含野生型DNA聚合酶的文库定量试剂盒仅能定量“容易（easy）”的文库分子
qPCR能准确定量所有可测序分子。
（A）文库制备流程中，DNA插入片段和连接接头(adapter)会产生很多连接情况，除了两段皆连接上接头的可以被测序的文库文字，有一些连接情况（虚线框内）不支持后续的成簇扩增，不能被测序。qPCR能仅检测接头连接正确的分子，这对于PCR-free工作流程是特别关键的。分光光度法、荧光法及电泳法会检测所有的双链分子，无论接头的连接情况。（B）过度的文库扩增会导致引物消耗，随后的变性及退火过程会产生不完全退火的部分双链、部分单链的DNA异构体。采用dsDNA结合染料的电泳和荧光检测仅能检测完整的双链DNA片段，导致对过度扩增文库定量的低估。
产品质量可靠，一致性高
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- KAPA SYBR FAST的性能使单套DNA标准品适用于所有类型的NGS文库
- 预稀释的标准品生产拥有极高的批次间一致性
在不同NGS文库类型及多批次产品间的高度一致性。
（A）用不同批次（批次1和2）及同一批次不同组（第1和第2组）的KAPA Illumina®平台文库构建试剂盒，定量9个人类WGS文库（41％ GC）和两个微生物WGS文库（红球菌属物种，70％ GC和葡萄球菌属物种，35％ GC）。（B）自2009年9月以来发布的56个连续批次的KAPA DNA标准品的扩增效率。
多重(Multiplex) 测序: 不同质量的样本，也可得到可重复的成簇密度
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- KAPA文库定量，能够实现可预测的成簇密度，从而最大化利用测序仪的测序能力和测序通量
- 不论文库混合前的浓度，经过准确、灵敏地定量，能实现标签序列标记的文库，等摩尔混合，再上机测序
- 文库混合池（library pool) 中的不同文库的测序reads均一分布，优化测序成本
- 所有文库类型均可获得可靠结果，包括从低质量FFPE DNA样本制备的文库
准确、可重复的文库定量能使成簇密度达到高度一致。
在Broad研究所(Cambridge, MA, USA)，在Illumina® GA测序工作流程中应用KAPA文库定量试剂盒显著降低了簇密度的差异性，并消除了滴定的需求。此处展示了连续文库每个tile中簇的平均数目。
准确和灵敏的定量能使多重测序库中Reads均匀分布。
使用用于Illumina平台的KAPA文库定量试剂盒，通过qPCR来定量从高质量人类基因组DNA（深色条）或FFPE DNA（浅色条）制备的24个有标签序列的文库，并组合成为三个等摩尔浓度的测序池。在HiSeq 2500测序仪相同flow cell的不同泳道中对每个测序池进行测序。（A）24个不同文库（标号1~24）代表了约44倍范围的预混合浓度（5.2nM至229.8nM），而测序read分布（B）仅在9.6％至13.9％之间变化。在泳道1、2、3中用于测序的预混合文库浓度的变异系数（CV）分别为94.9％、49.4％和127.9％。KAPA文库定量试剂盒能够进行准确的等摩尔混合，在标准化后CV降低至2.5％、4.8％和11.2％。
MC-CN-00364 有效期至2021-12-31
仅供研究，不用于临床诊断。
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相关应用
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- Quantification of libraries prior to and after hybridization capture
- Quantification of individual libraries or library pools prior to cluster amplification or emPCR
- Quality control, optimization and troubleshooting of library construction processes or workflows
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产品手册
规格明细 / 储存条件
Kits can be stored for up to 12 months at -20˚C.
Complete kits include KAPA SYBR FAST qPCR Master Mix (2X), Primer Premix (10X) and a set of 6 DNA Standards. Reagents for qPCR (KAPA SYBR FAST qPCR Master Mix and Primer Premix) and DNA Standards (1–6) are also sold separately. Where noted, Master Mixes contain instrument-specific reference dyes, while the Universal kit includes ROX High and ROX Low (both 50X) separately.
Components–Illumina® Platform
Components–Illumina® Platform
规格明细
| 规格 | 描述 |
|---|---|
| Compatible Platform | Illumina HiSeq, NextSeq, MiSeq, and GAIIx Ion Torrent Proton and PGM 454 GS FLX+ and GS Junior SOLiD 5500 series |
| Library Type | Any |
| Starting Material | Any NGS library ready for cluster amplification or emPCR |
| Standard curve concentration range |
20–0.0002 pM for Illumina libraries 83–0.00083 pM for Ion Torrent and 454 libraries 10–0.0001 pg/µL for SOLiD libraries |
| Sequencing Applications |
Whole Genome Sequencing Whole Exome Sequencing Targeted Sequencing (custom panels) RNA-Seq ChIP-Seq Amplicon Sequencing Methyl-Seq |
订货信息
KAPA 文库定量试剂盒，Illumina 平台（通用）
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- KK货号：KK4824
- 产品货号：07960140001
- 适用的qPCR仪器：通用
KAPA 文库定量试剂盒，Illumina 平台（ABI Prism®）
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- KK货号：KK4835
- 产品货号：07960204001
- 适用的qPCR仪器：ABI Prism®
KAPA 文库定量试剂盒，Illumina 平台（Bio-Rad iCycler™）
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- KK货号：KK4844
- 产品货号：07960255001
- 适用的qPCR仪器：Bio-Rad iCycler™
KAPA 文库定量试剂盒，Illumina 平台（Roche LightCycler® 480）
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- KK货号：KK4854
- 产品货号：07960298001
- 适用的qPCR仪器：Roche LightCycler® 480
KAPA 文库定量试剂盒，Illumina 平台（ROX Low）
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- KK货号：KK4873
- 产品货号：07960336001
- 适用的qPCR仪器：ROX Low
KAPA 文库定量试剂盒，Ion Torrent PGM 平台（通用）
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- KK货号：KK4827
- 产品货号：07960158001
- 适用的qPCR仪器：通用
KAPA 文库定量试剂盒，Ion Torrent PGM 平台（ABI Prism®）
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- KK货号：KK4838
- 产品货号：07960212001
- 适用的qPCR仪器：ABI Prism®
KAPA 文库定量试剂盒，Ion Torrent PGM 平台（Bio-Rad iCycler™）
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- KK货号：KK4847
- 产品货号：07960263001
- 适用的qPCR仪器：Bio-Rad iCycler™
KAPA 文库定量试剂盒，Ion Torrent PGM 平台（Roche LightCycler® 480）
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- KK货号：KK4857
- 产品货号：07960301001
- 适用的qPCR仪器：Roche LightCycler® 480
KAPA 文库定量试剂盒，Ion Torrent PGM 平台（ROX Low）
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- KK货号：KK4874
- 产品货号：07960344001
- 适用的qPCR仪器：ROX Lows
*所有试剂盒均包含5ml KAPA SYBR ®FAST qPCR Master Mix (2X), 1ml Primer Premix, 和 6 X 80 uL DNA 定量标准品. 按产品标识注明，试剂盒内包含的引物、DNA定量标准品和qPCR试剂是针对不同DNA测序平台和qPCR仪器进行配制的。引物预混液和DNA定量标准品也可单独购买。